指定難病については、
○区分番号「Ａ１０１」療養病棟入院基本料の「医療区分・ADL区分に係る評価表評価の手引き」19～23、区分番号「Ｂ００１ ７」難病外来指導管理料、区分番号「Ｃ１０９」在宅寝たきり患者処置指導管理料、区分番号「Ｆ２００」薬剤注１、区分番号「Ｊ０３８」人工腎臓注３等においては、「同法（難病の患者に対する医療等に関する法律）第７条第４項に規定する医療受給者証を交付されている患者（同条第一項各号に規定する特定医療費の支給認定に係る基準を満たすものとして診断を受けたものを含む。）に係るものに限る」
○区分番号「Ｃ００２」在宅時医学総合管理料の注５等に規定する「別に厚生労働大臣が定める状態」においては、「難病の患者に対する医療等に関する法律第五条第一項に規定する指定難病」と規定されている。これらについて、いずれも病名及び重症度が「特定医療費の支給認定に係る基準」を満たすことを患者が受診する保険医療機関の医師が診断したが、受給者証の交付を受けていない場合も、対象に含まれるか。また、小児慢性特定疾病については、区分番号「Ｂ００１ ５」小児科療養指導料において、「児童福祉法第６条の２第１項に規定する小児慢性特定疾病（同条第２項に規定する小児慢性特定疾病医療支援の対象に相当する状態のものに限る。）」とあるが、これについても同様か。